Program Studi Magister (S2) Teknik Kelautan merupakan program pendidikan lanjutan yang fokus pada profesionalisme di bidang industri kemaritiman dan pengembangan IPTEKS Kelautan. Prodi ini juga memiliki beberapa keahlian multi disiplin, yakni: kelautan, perkapalan, perikanan, dan energi terbarukan.
Program ini diperuntukkan bagi mahasiswa yang telah menyelesaikan jenjang pendidikan Strata-1 (S1) atau pendidikan vokasi S1 Terapan/Diploma 4 (D-IV). Mahasiswa Program Studi Magister Teknik Kelautan ini diwajibkan untuk menyelesaikan beban kredit minimal 36 sks sesuai kurikulum yang terdiri dari matrikulasi, mata kuliah wajib, mata kuliah pilihan, serta penelitian dan penulisan tesis. Masa studi ini dapat ditempuh selama 3 semester (1,5 tahun).